Im Jahr 2029 sind viele Menschen Cyborgs, die ihren Körper ganz oder teilweise durch künstliche Implantate ersetzt haben. Nur das Gehirn lässt sich nicht ersetzen. Wohlverpackt in einer Biokapsel (der sogenannten Shell) steckt in jedem Cyborg ein Gehirn und darin sein Geist (Ghost), also das Ich, die Identität und Persönlichkeit.
Um so bedrohlicher ist daher das Auftauchen eines unbekannten Hackers, der seinen Spitznamen Puppet Master der Tatsache verdankt, dass er die Sicherheitsbarrieren der Shells überwinden und Ghosts direkt manipulieren kann. Seine Opfer verlieren ihre Identität und begehen Verbrechen für ihn und seine Auftraggeber.
Für Major Motoko Kusanagi ist diese Bedrohung sogar sehr persönlich: Durch ihre Arbeit für die streng geheime Sektion 9 (die Problembeseitiger des Innenministeriums) hat sie zwar einen hochmodernen Cyborg-Körper mit übermenschlichen Kräften, aber ihr Ghost, ihre Identität, ihr einzig verbliebenes Originalteil, ist nicht ersetzbar.
